インボイス2割特例が終了したらどうなる？個人と法人で異なる選択肢を税理士が解説

インボイス制度の開始時、多くの個人事業主・小規模法人を支えてきた「2割特例」が、いよいよ終了に向けて動き出しています。個人事業主は2026年分の確定申告（2027年3月申告）が最後の適用機会となり、法人は事業年度によって異なるものの、2026年9月30日を含む課税期間で打ち切られます。

「終わった後どうなるのか」「自分は何を選べばいいのか」というご相談を、奈良県内の事業者の方からも続々といただいております。さらに令和8年度税制改正大綱では、個人事業主向けに「3割特例」が新設されるなど、2026年現在の状況は変化が続いています。

私たち横山千夏税理士事務所では、奈良県内のフリーランス・個人事業主・中小法人のインボイス対応をサポートしております。本記事では、2割特例終了後に取れる選択肢について、個人と法人それぞれの視点から税理士が解説いたします。

2割特例の終了スケジュール｜2026年現在の最新動向

まず、2割特例がいつ終わるのかを正確に把握しておくことが重要です。個人と法人で適用期間の数え方が異なる点にご注意ください。

個人事業主：2026年分の確定申告（2027年3月申告）まで適用可

個人事業主の課税期間は暦年（1月1日〜12月31日）です。2割特例は「令和5年10月1日から令和8年9月30日までの日の属する課税期間」に適用されるため、2026年9月30日を含む2026年分（暦年）が個人事業主にとっての最終適用年となります。

つまり、2027年3月に提出する2026年分の確定申告までは2割特例が使え、2027年分（2028年3月申告）からは適用できません。

法人：2026年9月30日を含む課税期間まで

法人の場合は事業年度によって最終適用期が異なります。たとえば3月決算法人であれば、2026年4月から2027年3月までの課税期間までが2割特例の対象です。一方、12月決算法人であれば2026年1月から2026年12月までの課税期間が最後となります。

ご自社の決算月から最終適用期を確認しておくことが、計画的な対応の第一歩です。

令和8年度税制改正大綱の主な変更

令和8年度税制改正大綱では、激変緩和の観点から複数の見直しが行われました。個人事業主に限り「3割特例」が2年間（令和9〜10年分）新設され、買い手側の仕入税額控除の経過措置も80%控除期間が延長されるなど、段階的な縮小スケジュールに調整されています。

この改正により、個人事業主は2割→3割→（その後本則または簡易）と段階的に税負担が増える形になり、急激な負担増を一定程度避けられる設計になりました。

終了後の選択肢｜個人と法人で違う

2割特例終了後、事業者は以下の選択肢からご自身に有利な方式を選ぶことになります。個人と法人で取れる選択肢が異なる点にご注意ください。

個人事業主限定の「3割特例」（令和9〜10年分・届出不要）

個人事業主は2027年分・2028年分について、売上税額の3割を納税額とする3割特例を選ぶことができます。届出は不要で、確定申告時に所定の記載を行うことで適用可能です。

「2割特例の延長」ではなく新設された制度のため、適用要件は2割特例とおおむね同様ですが、最新情報は国税庁の発表をご確認ください。

簡易課税制度（みなし仕入率で計算）

業種ごとに定められたみなし仕入率を使って消費税額を計算する制度です。経費のインボイスを集計する必要がなく、計算が比較的シンプルなのが特徴です。

事業区分は6種類あり、卸売業（第1種：90%）、小売業（第2種：80%）、製造業等（第3種：70%）、その他事業（第4種：60%）、サービス業等（第5種：50%）、不動産業（第6種：40%）と分かれています。基準期間（前々年）の課税売上高が5,000万円以下であることが利用条件です。

本則課税（経費が多い業種で有利になることも）

売上税額から実際の仕入税額を差し引いた額を納税する原則的な方法です。設備投資を行った年や、課税仕入れが多い業種では本則課税が有利になることもあります。インボイスの保存と集計が必要となるため、事務負担は最も大きい方式です。

簡易課税届出の特例期限｜2027年12月31日までがカギ

選択肢の中で最も注意が必要なのが簡易課税の届出期限です。原則として簡易課税は適用したい課税期間の前日までに届出が必要ですが、2割特例適用者には特例措置があります。

個人事業主：2027年分から簡易課税を使うなら2027年12月31日まで

通常であれば、2027年分から簡易課税を使うには2026年12月31日までに届出が必要です。しかし2割特例適用者には特例として、2割特例終了後の最初の課税期間に係る確定申告期限までに届出書を提出すれば適用できる経過措置が用意されています。