ふるさと納税のワンストップ特例と確定申告｜使い分けと手続きの流れ【2026年】

「ワンストップ特例の申請書を出したのに、医療費控除で確定申告することになった」「6自治体目に寄付してしまったが、このままでよいのだろうか」——奈良市周辺の会社員の方から、ふるさと納税の手続きについてこうしたご相談をいただきます。

ふるさと納税で控除を受ける方法は、ワンストップ特例と確定申告の2つです。どちらを選ぶかで、控除される税金の種類も、必要な書類も、期限も変わります。そして選び方を誤ると、寄付したのに控除が一切受けられないという結果になりかねません。

私たち横山千夏税理士事務所では、奈良県内の会社員・個人事業主の方の確定申告サポートを、女性スタッフが中心となって承っております。この記事では、2026年現在の制度に沿って、2つの方法の違い・どちらを選ぶべきか・手続きの流れと期限を順にご説明いたします。

ワンストップ特例と確定申告の違い（比較表）

まず全体像を整理します。

項目	ワンストップ特例	確定申告
控除される税金	住民税のみ	所得税（還付）＋住民税
対象になる方	確定申告が不要な給与所得者	誰でも可
寄付先の数	5自治体以内	制限なし
手続きの相手	寄付先の各自治体	税務署
期限	翌年1月10日必着	翌年3月15日ごろ
必要な書類	申請書＋本人確認書類（自治体ごと）	寄附金受領証明書等をまとめて添付
控除の総額	上限内なら基本的に同じ	上限内なら基本的に同じ

上限の範囲内であれば、どちらを選んでも控除される総額はほぼ変わりません。 違いが出るのは、戻ってくる形（住民税の減額か、所得税の還付か）と、手続きの手間です。

ただし上限を超えて寄付した場合は話が変わります。確定申告のほうが所得控除としての効果が残るぶん、戻る金額がわずかに多くなることがあります。この点は「ふるさと納税の限度額を超えたらどうなる？超過分の損失と確認方法」で詳しく扱っております。

ワンストップ特例を使える条件

ワンストップ特例は、次の条件をすべて満たす方が使えるとされています。

1. もともと確定申告をする必要がない給与所得者であること
2. 1年間の寄付先が5自治体以内であること（同じ自治体に複数回寄付しても1カウント）
3. 寄付ごとに、各自治体へ申請書を提出していること

3つ目が見落とされがちです。5回寄付したなら5回、それぞれの自治体に申請書を送る必要があります。まとめて1か所に出す仕組みではありません。

期限は翌年1月10日必着

申請書の提出期限は、寄付をした年の翌年1月10日必着とされています。消印有効ではなく到着ベースのため、年末に寄付をした方は投函のタイミングに注意が必要です。

オンラインで完結させる方法もあります

近年は、マイナンバーカードとスマートフォンがあれば、紙の申請書を郵送せずに手続きできるオンラインワンストップ申請に対応する自治体が増えています。自治体マイページ等から申請でき、本人確認書類のコピーを添える手間がありません。ただし寄付日当日は利用できず、翌日以降の手続きになるとされています。対応の有無は自治体によって異なりますので、寄付先の案内をご確認ください。

ワンストップ特例が無効になる4つのケース

申請書を出したから安心、とはいきません。次の場合、ワンストップ特例は無効になります。

• 6自治体以上に寄付した
• 確定申告（または住民税の申告）を行った
• 申請書が1月10日の期限に間に合わなかった
• 申請書の記載内容に不備があった（住民票と住所・氏名が一致しない等）

いずれの場合も、確定申告をしなければ控除が受けられません。とくに2つ目は自覚のないまま該当することが多く、注意が要ります。

確定申告をすると、提出済みの申請は自動的に無効になります

ここが最大の落とし穴です。ワンストップ特例の申請書を提出済みの方が、あとから確定申告をすると、提出済みの申請はすべて無効として扱われます。国税庁もこの取り扱いを明示しています。

そのため確定申告書には、ワンストップ申請をした分も含めて、その年のふるさと納税をすべて寄付金控除の欄に記載する必要があります。「ワンストップで処理した分は書かなくてよい」と誤解して書き漏らすと、その分の控除が一切受けられません。

該当しやすいのは次のような方です。

• 医療費控除やセルフメディケーション税制を使う方
• 住宅ローン控除の初年度にあたる方
• 副業の所得があり、確定申告をする方
• 年の途中で退職し、年末調整を受けていない方

どちらを選ぶべきか｜判断の目安

ワンストップ特例が向いている方

会社員で年末調整だけで完結しており、寄付先が5自治体以内、他に申告する予定もない——この条件に当てはまるなら、ワンストップ特例が手間の少ない選択です。確定申告書を作る必要がなく、住民税が翌年6月から翌々年5月にかけて自動的に軽くなります。

確定申告を選んだほうがよい方

一方、次のいずれかに当てはまる方は、はじめから確定申告を前提に考えるほうが安全です。

• 寄付先が6自治体以上になる見込みがある
• 医療費控除・住宅ローン控除（初年度）など、他の理由で申告する
• 給与以外の所得（事業・不動産・副業など）がある
• 限度額を超えた可能性がある
• 申請書の提出が期限に間に合わなかった

迷う場合は確定申告を選んでおくほうが確実です。ワンストップは条件を外すと無効になりますが、確定申告は寄付先の数にも申告理由にも縛られません。

なお、住宅ローン控除とふるさと納税を同じ年に使う場合は、限度額そのものが下がります。この組み合わせについては「住宅ローン控除とふるさと納税は併用できる？限度額への影響と注意点」で扱っております。

手続きの流れ｜1年のスケジュール

時期	やること
1月〜12月	寄付をする（12月31日の決済分まで当年扱い）
寄付のつど	ワンストップ特例を使う方は、各自治体へ申請書を提出
翌年1月10日	ワンストップ特例の申請書 提出期限（必着）
翌年2月中旬〜3月15日ごろ	確定申告の期間
翌年4月〜5月ごろ	確定申告をした方は、所得税の還付を受ける
翌年6月	住民税決定通知書が届く。控除の反映を確認する

寄附金受領証明書は、寄付から1〜2か月ほど遅れて届くことがあります。確定申告に使いますので、届いた時点で1か所にまとめておくと年明けに慌てません。近年はポータルサイトが発行する「寄附金控除に関する証明書」を1枚にまとめて添付する方法も利用できるようになっています。

よくある質問（FAQ）

Q. ワンストップ特例の申請書を出し忘れました。もう控除は受けられませんか？

A. 確定申告をすれば控除を受けられます。期限内に申告できなかった場合でも、還付を受けるための申告は原則としてその年の翌年1月1日から5年間可能とされています。

Q. 同じ自治体に3回寄付しました。3自治体分としてカウントされますか？

A. いいえ、自治体の数で数えますので1カウントです。ただし申請書は寄付のつど提出する必要があるとされていますので、3回分の提出が要ります。

Q. ワンストップ特例だと所得税は戻らないのですか？

A. ワンストップ特例では所得税の還付は行われず、その分も含めて住民税から控除されます。上限の範囲内であれば、控除の総額はおおむね同じになります。

Q. 確定申告をしたあとに、ワンストップの申請書が自治体に届いた場合はどうなりますか？

A. 確定申告の内容が優先され、ワンストップ特例は無効として扱われます。確定申告書にすべての寄付を記載していれば問題ありません。

Q. 手続きが正しくできたか、あとから確認できますか？

A. 翌年6月ごろに届く住民税決定通知書の「寄附金税額控除」欄で確認できます。見方は「住民税決定通知書の見方」でご説明しております。

手続きに迷ったら、横山千夏税理士事務所へ

ふるさと納税そのものは難しい制度ではありませんが、他の控除と重なった年、収入の状況が変わった年は、どちらの手続きを選ぶべきかの判断が一気に難しくなります。書き漏らしによって控除が受けられなくなるケースは、実際に起きています。

なお、税制は改正により取り扱いが変わる可能性がありますので、実際の申告にあたっては国税庁の最新情報をご確認いただくか、当事務所までお問い合わせください。

横山千夏税理士事務所では、Zoom等を利用したオンライン相談を主体としており、奈良県内はもちろん、遠方の方やお忙しい会社員の方もご自宅からそのままご相談いただけます。直接お会いしてのご相談をご希望の方には、近鉄奈良駅すぐの立地で来所相談も承っております。

税金の話に慣れていない方にも、女性税理士・女性スタッフが一つずつかみくだいてご説明いたします。確定申告が必要かどうかの判断からでも結構ですので、オンライン相談・来所相談、または当事務所の問い合わせフォームからお気軽にご連絡ください。