ふるさと納税の上限を超えたらどうなる？確定申告で戻せる金額と判断ポイント

「2025年にふるさと納税をしすぎたかもしれない…」と不安に感じている方はいらっしゃいませんか。2025年10月のポイント付与廃止を前に駆け込みで寄付をした方や、年収の見込みが下がってしまった方の中には、控除上限を超えてしまった方もいらっしゃるかもしれません。

しかし、上限を超えたからといって、すべてが自己負担になるわけではありません。確定申告を行えば、超過分の一部は所得税から戻る可能性があります。

私たち横山千夏税理士事務所では、奈良県を中心に個人事業主や会社員の方の確定申告サポートを行っております。本記事では、ふるさと納税の上限超えで起きること、確定申告でリカバリーできる範囲、そしてワンストップ特例を申請済みの方が注意すべき点を、2026年現在の最新制度に沿ってご説明いたします。

ふるさと納税で「上限超え」が起きる仕組み｜2026年現在の制度

ふるさと納税は「寄付額のうち2,000円を超える部分が、所得税と住民税から控除される」という制度です。ただし、無制限に控除が受けられるわけではなく、年収や家族構成に応じた控除上限額が定められています。

控除上限額が決まる仕組み

控除には3つの種類があります。所得税からの還付（所得控除）、住民税からの基本控除（10%）、そして住民税からの特例控除分です。このうち上限の壁となるのが特例控除分で、住民税所得割額の2割を超えて寄付すると、その超過分は実質負担となってしまいます。

たとえば、住民税所得割額が25万円の方の場合、特例控除の枠は5万円程度です。これを超えて寄付しても、超過した部分は2,000円の自己負担とは別に持ち出しが発生します。

ワンストップ特例と確定申告で「上限超過時の挙動」が違う

ここが意外と知られていない重要なポイントです。<u>ワンストップ特例制度を使った場合と確定申告した場合では、同じ上限超え寄付でも控除される金額が変わることがあります</u>。

ワンストップ特例は住民税のみで控除を完結させる仕組みのため、上限を超えると超過分はそのまま自己負担になりやすい構造です。一方、確定申告であれば所得税の所得控除としても作用するため、上限を超えた寄付でも一部が所得税から戻る計算となります。

「ワンストップ申請したから大丈夫」と安心している方ほど、上限を超えていた場合に取り戻せたはずの金額を逃しているケースがございます。

上限を超えても確定申告で取り戻せる部分がある

ここからは、上限超えに気づいた方が確定申告でリカバリーできる範囲についてご説明いたします。

寄付金控除の「所得控除分」は上限関係なく適用される

確定申告で寄付金控除（所得控除）として申告する場合、寄付額から2,000円を引いた金額が所得から控除されます。この所得控除自体には、ふるさと納税特有の上限はありません（ただし総所得金額の40%が上限）。

したがって、特例控除の上限を超えた部分でも、所得控除としての効果は受けられます。所得税率に応じて、超過分の5%〜45%程度が所得税から軽減される計算です。

計算例：年収500万円・限度額6万円・実際8万円寄付したケース

具体的に見てみましょう。年収500万円・独身の方で控除上限額が約6万円とします。実際には8万円分寄付したケースで考えます。

ワンストップ特例だけで処理した場合、おおよそ58,000円が住民税から控除され、自己負担は約22,000円となります。一方、確定申告で寄付金控除として処理すると、所得控除の効果が加わり、所得税率10%の方であれば約2,000円程度が所得税から追加で戻る計算です。

差額は数千円程度にとどまることが多いものの、上限を大きく超えてしまった方ほど確定申告のメリットが大きくなります。実際の還付額は、所得税率や他の控除との兼ね合いで変わりますので、概算は当事務所でも試算可能です。

なお、住民税の特例控除分には「住民税所得割額の2割」という別の上限もあり、年収が高い方ほどこの壁に先にぶつかるケースもございます。年収400万円台と800万円台では限度額の決まり方や超過時の影響が異なるため、ご自身の状況に合わせた試算が大切です。

ワンストップ申請済みの方が確定申告するときの注意点

すでに自治体にワンストップ特例の申請書を送付している方が、後から確定申告を行う場合は<u>ワンストップ特例の申請は自動的に無効</u>となります。これは国税庁も明記している取り扱いです。

そのため、確定申告書にはワンストップ申請した寄付分も含めて、すべてのふるさと納税を寄付金控除欄に記載する必要があります。「ワンストップで処理した分は申告書に書かなくてよい」と誤解されている方が時々いらっしゃいますが、書き漏れると控除が一切受けられなくなるためご注意ください。

医療費控除や住宅ローン控除（初年度）などで確定申告をする方は、特にこの点が落とし穴になりやすいので注意が必要です。

奈良で確定申告がご不安な方へ｜当事務所のサポート

ふるさと納税の上限超えに気づいたとき、「自分の場合いくら戻るのか」「確定申告は自分でできそうか」と判断に迷われる方は少なくありません。年収の中途変動や家族構成の変化があった年は、特に上限額の見極めが難しくなります。

横山千夏税理士事務所では、奈良市内の事務所での直接相談はもちろん、Zoom等を利用したオンライン相談を主体としております。お忙しい方や遠方にお住まいの方も、ご自宅からそのまま相談していただけます。

また、女性スタッフが中心となり、税金の話が初めての方でも話しやすい環境を提供しております。「こんな質問をしてもいいのだろうか」とためらわれることなく、お気軽にご相談いただけます。

ふるさと納税の上限超えでお悩みの方、ワンストップ申請後に医療費控除等を確定申告する必要が出てきた方は、お一人で抱え込まず、初回のご相談（15分間無料対応あり）から、まずは当事務所にご相談ください。

なお、税制は改正により内容が変更される可能性がありますので、実際の申告にあたっては国税庁の最新情報をご確認いただくか、当事務所までお問い合わせください。